当社の歴史は、古来大和国の水分四社の一つで、飛鳥時代の創祀と伝えられています。
最初の鎮座地は、当社より３キロ南方の小山戸カモエ谷の都祁山口神社の地でした。

祭神は速秋津彦神・天水分神・国水分神の三柱の神で、古く本地垂跡説によると阿弥陀三尊と称せられています。

この地に祀られた自然神で、また、農耕神として、大和川、木津川の水源の神として、奈良朝時代「神戸」を寄せられました。
平安時代仁寿２年、官社に列せられ、貞観元年には「正五位下」に進められました。
延喜式には大社に列し、月次、新嘗の官幣にあずかっています。

平安時代中期には、当地区に興福寺喜多院二階堂の荘園が成立しました。
藺生、小山戸、友田、南殿、白石、無山、向淵の七庄で開発が進むとともに、水分神は信仰を集め、天禄３年９月25日、荘園の中央友田へ遷し祀られることとなりました。

この社地は奈良朝時代に聖武天皇の行幸された堀越頓宮の伝承地であり、平安時代には伊勢齋宮の皇女が宿られた都介頓宮の跡でもあります。

鎌倉時代の初め喜多院二階堂領は、同じ興福寺の大乗院領となり、水分神社も大乗院家の指示で、当地方に、成長した武士が氏人となり、護持されました。
これらのことは応永31年に作られた当社縁起に詳記されています。

室町中期の明応８年七ケ庄の反米によって造営されたのが現在の本殿です。

江戸時代には七庄の氏神として地方的な信仰をえ、殊に藤堂藩大庄屋、小山戸の北氏は当社の護持に一段と力をつくしています。明治維新の後、当社は郷社となり後県社に列せられました。

長い歴史の荒波に絶え、水分神社が護持されたことは、農耕神として霊験いちじるしい御神徳と一般の方々の手厚い信仰によるものです。